Les bacilles à Gram négatif non fermentants sont des bactéries de l'environnement responsables d'infections opportunistes chez les patients immunodéprimés.
En plus de leur multirésistance naturelle aux antibiotiques, des mécanismes acquis peuvent être observés.
La taxonomie de ces genres bactériens a évolué en parallèle des progrès technologiques.
Le séquençage des génomes permet aujourd'hui d'appréhender les schémas évolutifs.
L'adaptation de certaines souches à l'Homme constitue par ailleurs un modèle d'étude pour corréler les modifications génétiques avec d'éventuelles conséquences phénotypiques.
Émergence et diversité des genres
Au-delà des genres Pseudomonas et Acinetobacter, d'autres genres bactériens émergent au cours d'infections aiguës survenant chez des patients immunodéprimés et/ou porteurs de dispositifs invasifs, ou lors d'infections chroniques chez les patients atteints de mucoviscidose ; Stenotrophomonas, Achromobacter et Elisabethkingia constituent ainsi des genres bactériens émergeant d'intérêt.
L'analyse phylogénétique basée sur le génome complet permet d'avoir une approche taxonomique fine : ainsi Stenotrophomonas maltophilia est en fait un complexe d'espèces, de sous-espèces et/ou de genospecies, dont certaines sont retrouvées plus fréquemment chez l'Homme, chez l'animal ou dans l'environnement.
La corrélation des fonds génétiques avec les propriétés de virulence, résistance, fitness et voies métaboliques reste à élucider.
Cela concerne en particulier les souches du genre Elisabethkingia responsables de méningites néonatales.
Limites actuelles et défis taxonomiques
L'évolution des connaissances liées à ces genres et espèces est néanmoins limitée par la capacité des bases de données matrix assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) utilisées au quotidien pour les identifier.
De plus, il est difficile de corréler les publications anciennes avec la taxonomie actuelle.
Contexte général sur les bactéries Gram négatives
Les bactéries sont classées en fonction de leur aspect au microscope et d’autres caractéristiques.
Les bactéries Gram négatives sont classées selon la couleur qu’elles prennent après avoir subi un processus chimique appelé coloration de Gram.
Les bactéries Gram négatives se colorent en rouge lorsque ce processus est utilisé.
Les bactéries Gram positives se colorent en bleu.
Les bactéries Gram négatives se colorent différemment car leurs parois cellulaires sont différentes.
Elles sont également responsables de différents types d’infection, et sont sensibles à différents types d’antibiotiques.
Les bactéries Gram négatives sont enfermées dans une capsule protectrice.
Cette capsule empêche les globules blancs (qui luttent contre les infections) d’ingérer les bactéries.
Sous la capsule, les bactéries Gram négatives possèdent une membrane externe qui les protège contre certains antibiotiques, comme la pénicilline.
Lorsqu’elle se déchire, cette membrane libère des substances toxiques appelées endotoxines.
Les endotoxines contribuent à la sévérité des symptômes lors des infections bactériennes Gram négatives.
Infections associées et gravité
Les infections bactériennes Gram négatives incluent : Brucellose, Infections à Campylobacter, Maladie des griffes du chat, Choléra, Infections à Escherichia coli (E. coli), Infections à Haemophilus influenzae, Infections à Klebsiella, Maladie du légionnaire (légionellose), Coqueluche, Peste, Infections à Pseudomonas, Salmonella, Shigellose, Tularémie, Fièvre typhoïde.
Les bactéries Gram négatives peuvent provoquer diverses infections, telles que gastro-entérite, pneumonie, péritonite (inflammation de la membrane tapissant la cavité abdominale), infections urinaires, infections du sang, infections des plaies et des sites chirurgicaux, et méningite.
De nombreuses infections peuvent être graves.
Résistance et enjeux thérapeutiques
Les bactéries Gram négatives sont de plus en plus résistantes aux antibiotiques.
MALDI TOF Mass Spectrometry Based Microbial Identification Part A
| Genre | Exemples | Contexte clinique |
|---|---|---|
| Stenotrophomonas | Stenotrophomonas maltophilia | Infections chez immunodéprimés et porteurs de dispositifs |
| Achromobacter | Achromobacter xylosoxidans | Infections pulmonaires et système urinaire |
| Elisabethkingia | Elisabethkingia meningioseptica | Méningites néonatales et infections opportunistes |
Notes et perspectives
La corrélation des propriétés de virulence avec les génomes complets demeure une priorité pour mieux cibler les traitements et prévenir les infections chez les patients fragiles.
Les avancées en génomique et en taxonomie dynamique offrent des outils pour une meilleure compréhension des schémas évolutifs et des voies métaboliques impliquées.