Les aliments fermentés, comme le fromage, le pain ou le vin, sont issus d’un savoir-faire artisanal et ancestral qui accompagne l’humanité depuis des millénaires. Selon des témoignages historiques, ce procédé serait connu et maîtrisé depuis au moins le Néolithique, une période clé de la fin de la Préhistoire marquée par de profonds changements sociaux et techniques au niveau des groupes humains. Pendant longtemps produits de façon artisanale, les aliments fermentés commencent à être industrialisés au 19e siècle, suite à la découverte par le physicien et chimiste français Louis Pasteur du rôle de la levure de bière Saccharomyces cerevisiae dans la fermentation alcoolique. Si la fermentation s’est tant répandue, c’est qu’elle présente de nombreux avantages, notamment pour la conservation des aliments et l’amélioration de leur valeur nutritionnelle, de leur goût, texture ou couleur.
Le procédé, réalisé par des micro-organismes, bactéries ou champignons, consiste à convertir les molécules de glucides présentes dans un produit d’origine en molécules d’acides, de gaz ou d’alcools et ce afin d’extraire, lors de cette opération, une source d’énergie utilisée pour leur bon fonctionnement. La réaction conduit alors à un nouvel aliment, dont la texture, le goût ou la teneur nutritionnelle est différente de celui d’origine. On dénombre une grande diversité de fermentations réalisées par des espèces différentes de micro-organismes et impliquant des réactifs et des produits variés: par exemple la fermentation lactique, réalisée par des bactéries dont Lactobacillus, qui transforme le lactose présent dans le lait en acide lactique, d’où l’obtention du yaourt. La fermentation alcoolique est également très répandue et transforme des glucides comme le glucose ou le fructose, présent notamment dans les fruits, en éthanol; c’est ainsi que l’on obtient du vin à partir du raisin.
Les fromages : une diversité microbienne aux origines multiples. Si historiquement la fabrication d’aliments fermentés impliquait uniquement les micro-organismes déjà présents dans le produit, le procédé a aujourd’hui recours à des ferments ajoutés lors de la fabrication pour mieux maîtriser la transformation. C’est le cas des fromages, pour lesquels une grande majorité de producteurs utilise des ferments microbiens au cours de la transformation du lait. La liste officielle des ferments utilisés comprend à ce jour une centaine de bactéries et un peu moins d’espèces fongiques. Mais d’après Françoise Irlinger, « on observe quatre à cinq fois plus d’espèces microbiennes dans les fromages et en particulier dans les fromages AOP », preuve que l’ajout de ferments n’est pas la seule source de diversité microbienne des fromages. L’étude entamée en 2017 a montré que les fromages AOP sont des produits de haute qualité issus d’un savoir-faire traditionnel dans un terroir défini, et que la diversité microbienne est influencée par l’espèce laitière, la saison, la topographie et la préparation du fromage.
Au sein de ces populations microbiennes, plusieurs groupes se succèdent. « Au début, ce sont les bactéries lactiques, présentes dans le lait et l’environnement, qui acidifient et texturent le lait. Or, si cette première phase est bien connue, la seconde, l’affinage, l’est beaucoup moins et fait intervenir une grande diversité de micro-organismes » souligne Irlinger. Obtenir des renseignements sur l’affinage aiderait les filières AOP à s’adapter au changement climatique, qui peut modifier les pratiques et les cahiers des charges. L’étude a aussi mis en évidence que la spécificité microbienne de chaque fromage est issue d’un terroir et d’un ensemble de pratiques de production allant de l’élevage du bétail à la cave d’affinage.
Les aliments fermentés d’origine végétale présentent une fabrication encore trop aléatoire. Pour la plupart d’entre eux, la fermentation se fait de façon spontanée sans l’ajout de ferments, rendant la production plus variable. La choucroute est donnée comme exemple type: « si vous faites de la choucroute à la maison, elle n’aura jamais le même goût d’une fois sur l’autre ». Le projet Metasimfood s’intéresse justement à la fermentation du chou et au raisin en vin, ainsi qu’à l’impact du changement climatique sur ces procédés traditionnels, notamment pour anticiper des pratiques agricoles plus durables et biologiques, moins de sulfites ou de sel, et des effets sur les espèces microbiennes et les nutriments. L’objectif est de développer des consortia bactériens adaptés aux nouveaux procédés et d’étudier l’effet sur le microbiote intestinal et la santé.
Le microbiote intestinal est riche et diversifié et l’alimentation fermentée peut influencer sa composition et son activité. Une consommation occasionnelle de produits fermentés n’entraîne pas forcément de modifications majeures, mais une consommation durable peut restructurer durablement la population intestinale. Deux types de microbiotes ont été décrits: permissifs, qui dialoguent avec les micro-organismes exogènes, et résistants, qui y résistent. Cela souligne l’importance de personnaliser les régimes alimentaires selon le microbiote individuel. Des méta-analyses et des essais montrent que certains produits fermentés, comme le yaourt, peuvent réduire le risque de diabète et participer à la santé cardiométabolique, et que les fromages et le yaourt peuvent influencer favorablement le système immunitaire et l’inflammation. Le yaourt et certains fromages contiennent des probiotiques vivants, utiles pour la digestion et le microbiote, surtout lorsqu’ils sont non pasteurisés après affinage.
Tout savoir sur le MICROBIOTE avec le Dr Jimmy Mohamed
DOMINO, un projet européen porté par l’institut Micalis, vise à développer de nouveaux produits fermentés à base de plantes, bénéfiques pour la santé et plus durables d’un point de vue environnemental. Ils étudient des plantes comme le petit épeautre et le teff, résistantes et riches nutritionnellement, afin de proposer des aliments adaptés aux climats plus arides et à une agriculture plus durable. Le projet explore aussi les effets des aliments fermentés sur le microbiote et les possibilités de nouveaux produits sur le marché européen.
La santé intestinale est également soutenue par des produits comme le kéfir, qui peuvent renforcer le système immunitaire et favoriser une meilleure absorption des nutriments. La consommation de produits laitiers fermentés peut être adaptée pour les intolérants au lactose grâce à des ferments produisant de la lactase qui demeurent actifs dans le tube digestif. Différentes études montrent des bénéfices potentiels sur la diabète, l’hypertension et l’ostéoporose lorsque les fromages fermentés et les yaourts sont consommés dans le cadre d’une alimentation équilibrée.
En pratique culinaire, les fromages fermentés s’intègrent dans des recettes variées: farces de pâtes, soupes, tartes et plats de légumes. Les fromages anciens, comme le Gruyère, le Comté ou le Gouda, présentent des textures et arômes variés selon leur âge et leur mode d’affinage. La mozzarella, souvent associée à l’industrie, peut révéler sa beauté lorsqu’elle est fraîche et peu transformée. Les fromages non fermentés, quant à eux, reposent sur des coagulations acidifiées ou l’usage de présure sans développement prolongé de bactéries lactiques, et trouvent leur place dans les préparations pâtissières ou crémeuses. Enfin, les produits fondus et les tranches pour burger subissent des traitements thermiques qui détruisent une grande partie de la flore vivante, distinguant clairement ces produits des fromages fermentés artisanaux riches en vie microbienne.
Pour profiter des atouts des fromages fermentés sans excès, quelques repères pratiques: une portion raisonnable d’environ 30 à 40 g d’un fromage affiné par repas, associée à des légumes et des féculents complets; varier les sources de produits laitiers fermentés (fromages, yaourts, kéfir) pour bénéficier de souches microbiennes complémentaires; privilégier les fromages au lait cru et les affinés jeunes pour favoriser les probiotiques, tout en restant attentifs à la consommation globale de gras et de sel. En somme, les fromages fermentés ne sont ni médicaments ni ennemis: ils deviennent des alliés lorsqu’ils sont variés, consommés en portions adaptées et intégrés dans une alimentation équilibrée et diversifiée, avec des végétaux, des céréales complètes et des acides gras insaturés.
Use pratique: dans une salade estivale ou une tarte hivernale, les fromages fermentés peuvent servir de condiment aromatique plutôt que d’ingrédient principal, et coexistent harmonieusement avec fromages frais et produits fermentés. Les analyses actuelles soulignent que les fermentation peuvent dégrader des contaminants et améliorer la valeur nutritionnelle, avec des effets variables selon le type de produit, le mode de fermentation et la préparation culinaire. Le fromage affiné apporte calcium, protéines, et parfois vitamines, mais peut aussi comporter du sel et des matières grasses; les fromages frais non fermentés offrent légèreté mais moins de probiotiques. Alterner les fromages fermentés, yaourts et produits végétaux enrichis permet de diversifier les apports et d’éviter une dépendance à un seul type de produit laitier.
En conclusion (sans section formelle), les fromages fermentés, lorsqu’ils sont consommés avec discernement et dans le cadre d’une alimentation variée, peuvent contribuer à la santé intestinale et générale, tout en soutenant des pratiques agricoles et industrielles plus durables face au changement climatique. La variété des procédés, des terroirs et des usages offre une marge importante pour adapter les fromages fermentés aux besoins individuels et collectifs, en privilégiant toujours la qualité et la diversité.
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